Я попал в похожую ситуацию 4 года назад. При снятии с учета отправили на экспертизу в лабораторию судебной экспертизы. Номер был явно набит кустарным способом, криво, буквы кода двигателя вовсе отсутствовали, имелись только 6 цифр. Видно было, что набивали на уже установленном в моторном отсеке двигателе, даже шланг охлаждения поленились снять, а он мешал набивке, поэтому номер двигателя получился с большим пробелом - сначала три цифры, пробел, и еще три цифры. С другой стороны ситуация была проще - поскольку я был единственным хозяином в РФ и я ее и ввез в 96 году. Кроме того имел заключение эксперта от 96 года о том что номер набит кустарным способом, с этим заключением и поставил ее на учет в 96 году.
Тетка, которая проводила экспертизу, взглянула на номер кузова, зачистила наждачкой с обратной стороны этот номер, убедилась что он не перебивался и после этого сказала ... что зачем меня вообще прислали, ведь то что номер двигателя перебит в этом нет никакого криминала, так делают заграницей (в данном случае это была Голландия) на официальных сервисных станциях при замене двигателя (просто набивают номер старого двигателя при агрегатной замене). Все что она мне сказала, затем она отразила и в заключении. Все это обошлось совершенно бесплатно, правда длилось все это два месяца: сначала ГАИ - потом следователь милиции - потом другой следователь - экспертиза - затем бумаги пошли в обратном порядке до ГАИ - затем писал заявление начальнику ГАИ с просьбой снять с учета и внести запись о кустарном номере двигателя. Запись эту внести и вклеили еще фотографии этого номера.
В твоем случае и ГАИ, и этот эксперт тоже знают, что никакого криминала нет, что загранице это практикуется, но делать все бесплатно не хотят.
Второй такой случай со мной был 1,5 года назад, опять же при снятии с учета. Номер двигаля на Гольфе-3 состоял из трех букв, семи цифр и одно буквы А на конце. Кроме того вторая цифра была перевернута в обратную сторону (цифра 3 была повернута как буква Е). На этот раз уже обошлось без следователей, правда пришлось заплатить за экспертизу 300 рублей, но зато все это заняло 2 дня. Экпертизу проводила возможно даже таже самая тетка. В заключении написала что буква А в конце означает что блок ремонтный. Кстати в сервисной книге была отметка о замене двигателя в Германии (на немецком эта отметка звучит как ATM). Потом когда у меня появилась
ETKA, проверил какой номер двигателя был изначально - а был он таким же, только без буквы А в конце и без первой цифры (0).