Если мотор не закрывает люк до конца, взять шестигранник и руками попытаться его дозакрыть. На моторчике есть регулировочный винт, прячется под резиновой заглушкой. В случае, если люк при срабатывании центрального замка снова отъезжает, просто скинуть разъем с моторчика люка после регулировки вручную.
Если ремонт все же предстоит в будущем, герметиком заливать конечно не вариант, а вот армированный скотч отлично подойдет, TPN правильно советует. Лакокрасочное покрытие не пострадает.