Судя по твоему описанию, по звуковому тракту идёт наводка от цифровой обработки сигнала и ещё хрен знает чего. Причём не зависимо от того, работает движок или нет. То есть, отбрасываем всякие там помехи по шине питания (типа, высокочастотная помеха от системы зажигания и т. д.). На ум приходит только одно, это не продуманная топография платы и не качественные комплектующие (возможно электролиты). Остаётся попробовать замерить напряжение на клемах аккумулятора (на всякий случай), проверить подключение массы и подкинуть фильтр по питанию магнитолы. Забыл добавить. Попробуй вскрыть верхнюю и нижнюю крышки маги и пропаять все подозрительные пайки (естественно аккуратно) и передёрнуть все соединительные разъёмы на плате (отсоединил и по новой вставил).